多年来，反对者认为转基因植物对人类健康和自然造成了极大伤害，并指责植物生物技术公司，如孟山都（注：该公司已经被德国企业收购），把追逐利润置于人性之上。
然而，农业生物技术支持者认为，基因工程作物使农民能够在全球食品短缺、害虫横虐、杂草丛生及极端天气的条件下种植。
这是一个复杂的问题。密苏里州的圣路易斯唐纳德植物中心总裁、植物病毒学家罗杰•比奇认为，环保主义者和生物技术专家可以求同存异，共同走向绿色目标。
1、生物改良大豆
1994年5月，美国孟山都公司培育的抗草甘膦除草剂转基因大豆首先获准在美国商业化种植，1997年杜邦公司获得美国食品药物管理局批准推广种植高油酸(70%)转基因大豆。转基因不仅没有增加除草剂的施用量，还减少了除草剂的施用量，且有助于采用保护性耕作和采用窄行间距种植，从而达到增产的目的。
2、食用的棉花种子
天然的棉花种子是不能吃的，因为它们含有具有杀虫功能的棉子酚。它有毒，可通过抑制精子活动来使人暂时不育。2006年德州农工大学和棉花公司合作，应用基因工程技术，研究出去除棉子酚的棉花种子，同时该成分在植株中得以保留以对植株提供保护。这种棉花种子可用于做面粉，但是在这项研究能成为现实之前，还要克服很多监管和物流的障碍。
3、麻疯树
麻疯树是一种不可食用的植物，它的种子能够生产生物燃料。2012年初，麻疯树在印度引发了政治紧张,部落社区指责政府为了燃料需求，摧毁了他们的原生作物而种植麻风树。转基因技术可研发高产量的麻疯树从而减少种植面积。麻疯树以及其他的产油、非食用作物还具有生产生物塑料的潜能，而生物塑料可以自然降解。
4、黄金大米
全球有超过1.2亿儿童没有摄取到足够的维生素A，进而可能导致失明。早在上世纪90年代，瑞士联邦理工学院研究团队与先正达公司合作发现，在水稻中加入有花植物的几个关键基因，可以增加其β-胡萝卜素的含量，β-胡萝卜素在人体内会转化成维生素A，可以缓解人体维生素A缺乏。2008年黄金大米已在路易斯安那州成功进行了田间试验，但发明者指责说，政府官僚主义的做法减慢了黄金大米的推广步伐。
5、耐涝水稻
加州大学戴维斯分校一直与菲律宾国际水稻研究所合作进行转基因耐涝水稻的研究，如果田间试验成功，很快我们就可以得到耐涝大米。
6、甜菜
甜菜虽甘甜，然而关于它的争论却很苦涩。去年《纽约时报》详细报道了，甜菜种植农户与杂草斗争的痛苦——美国全国大约一半的糖份都由甜菜提供。他们热切期待着孟山都公司的抗农达除草剂甜菜，在提高产量的同时，可以减少除草剂的使用及用工成本。与此同时，环保主义者提出警告，抗农达甜菜与有机作物之间会出现交叉授粉，甚至其中一些支持者因此起诉了美国农业部。2012年年初，甜菜种植农户可以种植这些甜菜了。
7、酵母
酵母并不是一种作物，但它却可以像作物一样培养。《伦敦时报》曾报道,旧金山一家生物技术公司，研发出一种转基因工业酵母，可以摄入植物糖份而排出原油，尽管他们的研究还处于实验室水平，该公司计划用农业废弃物进行发酵生产。
8、木薯
木薯是一种类似土豆、富含淀粉的植物，且对世界数百万人来说是必需的，尤其在非洲。这种主食缺少对人体生长发育至关重要的一系列维生素，同时它的栽培也会由干旱带来不良影响。俄亥俄州立大学正在致力于抗病毒木薯的研究,这种木薯含有丰富的日需维生素、蛋白质和矿物质。他们计划未来两年在2个非洲国家进行田间试验。
9、木瓜
30年前番木瓜环斑病毒吞噬着这种橙黄色的热带水果，直到1996年康奈尔大学用基因工程技术研发出了“SunUp”（日出）木瓜。2012年年初,Hawaii-Menoa大学成功解密出“SunUp”木瓜的基因组序列。科学家们期望利用这些信息来增强水果的抗虫性，从而减少种植过程中化学物质的使用量。
10、蓖麻籽
蓖麻籽能生产多种不同用途的油，可以制造从喷气发动机润滑剂到洗发精等许多产品。但蓖麻并没有得到广泛种植，是由于蓖麻籽中含有一种没有解药的，名为蓖麻毒素的致命毒素。美国农业部所作的转基因蓖麻研究可以抑制蓖麻毒蛋白以及强烈过敏原的产生。此外,美国农业部的科学工作者还希望研发蓖麻油环氧树脂的转基因蓖麻，从而取代涂料中的有毒溶剂。
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