蛋白质的元素组成：蛋白质都含碳、氢、氧、氮 四种主要元素；大多数蛋白质还含少量硫元素；某些蛋白质还含有微量的磷、铁、铜、钼、碘、锌等元素。
蛋白质的氮含量比较恒定，平均值约为16%。可通过测定氮的含量，计算生物样品中蛋白质的含量。
蛋白质的基本结构单位—氨基酸：组成蛋白质的氨基酸有20种。
1、氨基酸的基本结构：蛋白质的氨基酸均为L-α氨基酸。
2、氨基酸的分类：根据氨基酸R 基团的不同，将氨基酸分为五类：
（1）Nonpolar aliphatic amino acids: （非极性脂肪族）
（2）Aromatic amino acids；
（3） Polar, uncharged amino acids；
（4） Positively charged amino acids；
（5） Negatively charged amino acids。
蛋白质中氨基酸修饰：某些天然蛋白质中含有上述20种以外的氨基酸，这些氨基酸是在20种氨基酸基础上通过修饰， 如羟化、羧化和磷酸化等修饰产生的。例如：胶原蛋白中存在羟脯氨酸和羟赖氨酸；磷酸化蛋白、乙酰化蛋白等； 蛋白质中的 胱氨酸等。